9 Mei 2013

LAPORAN AKHIR PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI


I. PENDAHULUAN

1.1  Latar Belakang
Mikrobiologi pertanian adalah ilmu yang mempelajari tentang peranan mikroba dalam bidang pertanian. Mikrobiologi Pertanian merupakan penggunaan Mikrobiologi untuk tujuan memecahkan masalah-masalah praktis di bidang pertanian. Dengan demikian dapat dirumuskan tugas dari Mikrobiologi Pertanian adalah mempelajari dan memanfaatkan mikrobia sebaik mungkin guna meningkatkan produksi pertanian baik kuantitas maupun kualitas dan menekan kemungkinan kehilangan produksi karena berbagai sebab.
Ilmu mikrobiologi dewasa ini sangat dibutuhkan demi kelancaran ilmu pengetahuan dan teknologi yang semakin canggih dan berkembang. Ilmu mikrobiologi mencangkup semua hal mengenai bakteri, jamur, virus, nematoda serta medianya, cara mensterilkan tempat dari berbagai bakteri, dan penganalisaan berbagai bahan, seperti makanan, suhu, air, dll dari bakteri yang bersifat aman dan membahayakan.
Mikrobiologi merupakan sesuatu yang secara tidak kita sadari pasti ada disekeliling kita. Setiap jengkal dari kehidupan kita tidak akan pernah lepas dari keberadaaan mikroba. Disekitar kita terdapat bermilyar-milyar mikroba yang siap untuk kita teliti. Mikroba sangat penting dalam proses kehidupan kita, dalam proses penguraian zat-zat organic mikroba sangat berperan aktif, akan tetapi mikroba ada yang merupakan mikroba baik untuk tubuh atau buruk untuk tubuh kita.
Mikroorganisme merupakan jasad renik yang memberikan pengaruh besar bagi kehidupan manusia. Mikroorganisme memiliki keanekaragaman variasi, ada mikroba yang sifatnya patogen, sifat pathogen ini yang biasa menjadi penyebab rusaknya objek penelitian mengenai mikroorganisme ada pula yang sifatnya apatogen, mikroorganisme yang sifatnya pathogen tumbuh bebas di lingkungan hidup kita, bisa dibayangkan bahaya besar yang mengancam kehidupan manusia misalnya, karena tak jarang mikroorganisme merupakan media penyebar berbagai penyakit berbahaya, penyebab kanker untuk infeksi tingkat lanjut pada manusia dan makhluk hidup lainnya. Mikroba dapat dibedakan menjadi beberapa jenis sesuai dengan karakteristik, fisiologi dan keberadaannya.

1.2  Tujuan
Adapun tujuan dari praktikum mikrobiologi pertanian secara umum adalah mengimplementasikan ilmu ilmu yang didapatkan selama perkuliahan dan pengaplikasian di laboratorium dan lapangan. Selain itu bertujuan untuk memperkenalkan penggunaan alat-alat yang digunakan  laboratorium khususnya pada praktikum mikrobiologi dan sterilisasi. Mengetahui cara pembuatan media pertumbuhan sederhana seperti PDA dan NA. Mempelajari metoda pemancingan jamur (moist chamber), melakukan pembiakan murni, mengidentifikasi dan karakterisasi makroskopis dan mikroskopis pada jamur dan bakteri., melakukan pengenceran berseri dan melakukan uji gram pada bakteri.









II. TINJAUAN PUSTAKA
2.1 Sterilisasi dan pengenalan alat-alat laboratorium
Sterilisasi merupakan cara pencegahan yang dilakukan manusia untuk membasmi mikroorganisme, terutama pada berbagai macam alat – alat gelas. Sterilisasi adalah suatu tindakan untuk membunuh kuman patogen dan apatogen pada peralatan laboratorium dan kedokteran dengan cara merebus, stoom, panas tinggi, atau menggunakan bahan kimia .Mikroorganisme bukan hanya sekedar mengancam kehidupan manusia namun, mikroorganisme yang tidak dinginkan akan membahayakan objek penelitian ilmu pengetahuan khususnya ilmu pangan itu sendiri.
Steril adalah istilah yang menunjukkan kondisi tanpa mikroorganisme hidup. Mikroorganisme hidup adalah oganisme yang dapat berbiak di bawah kondisi optimum untuk pertumbuhannnya.
Jenis peralatan yang dapat disterilkan :
1. Peralatan yang terbuat dari logam, misalnya pinset, gunting, jarum ose, dll
2. Peralatan yang terbuat dari kaca, misalnya, cawan petri, tabung reaksi, dll
3. Peralatan yang terbuat dari karet, misalnya sarung tangan
4. Peralatan yang terbuat dari ebonit
5. Peralatan yang terbuat dari porselin
6. Peralatan yang terbuat dari plastic
Sterilisasi dengan panas adalah unit operasi dimana bahan dipanaskan dengan
suhu yang cukup tinggi dan waktu yang cukup lama untuk merusak mikrobia dan aktivitas enzim.
Lamanya waktu sterilisasi yang dibutuhkan bahan dipengaruhi oleh, resistensi mikroorganisme dan enzim terhadap panas, kondisi kepanasan, pH bahan, ukuran wadah / kemasan yang disterilkan, keadaan fisik bahan. Sterilisasi dalam udara kering, biasanya Alat yang umum digunakan adalah Oven. Alat ini dipakai untuk mensterilkan alat-alat gelas seperti erlenmeyer, petridish, tabunng reaksi dan alat gelas lainnya. bahan-bahan seperti kapas, kain dan kertas dapat disterilkan dengan alat ini. pada umumnya suhu yang digunakan pada sterilisasi secara kering adalah 170 - 180 0C selama paling sedikit 2 jam. Lama sterilisasi tergantung pada alat dan jumlahnya (Anonim, 2007).
Autoklaf
Alat-alat dan bahan yang akan disterilkan lebih baik ditempatkan dalam beberapa botol yang agak kecil dari pada dikumpulkan dalam satu botol yang besar. Setelah pintu autoklaf ditutup rapat, barulah kran pada uap dibuka, dan temperatur akan terus-menerus naik sampai 121oC. Biasanya autoklaf sudah diatur sedemikian rupa, sehingga pada suhu tersebut, tekanan yang ada 1 atmosfer per 1 cm2. Perhitungan waktu 15 menit atau 20 menit dimulai semenjak termometer pada autoklaf menunjuk 121oC. Setelah cukup waktu, maka kran uap ditutup, dan dengan demikian pula manometer. Autoklaf tidak boleh dibuka sekonyong-konyong agar isi botol yang ada dalam autoklaf tidak meluap kemana-mana. Sebaiknya kita menunggu sampai manometer menunjuk angka nol, barulah autoklaf dibuka.
 Cara sterilisasi dengan panas biasanya dilakukan dengan uap panas menggunakan autoklaf, yaitu alat serupa tangki minyak yang dapat diisi dengan uap. Medium yang akan disterilkan ditempatkan dalam autoklaf selama 15-20 menit, hal ini bergantung kepada banyak sedikitnya barang yang perlu disterilkan. Setelah pintu autoklaf ditutup rapat, barulah kran pada pipa uap dibuka dan temperatur akan terus menerus naik sampai 121o C. Biasanya autoklaf sudah diatur sedemikian rupa, sehingga pada suhu tersebut tekanan ada sebesar 15 lbs (pounds) per inch persegi yang berarti 1 atm per 1 cm2. Perhitungan waktu 15-20 menit itu dimulai semenjak termometer pada autoklaf menunjuk 121o C (Dwidjoseputro, 2005).
Sterilisasi dengan panas kering dilakukan dengan menggunakan hot air oven. Sterilisasi panas kering berlangsung di dalam oven yang dipanasi sampai temperature 160oC - 170oC selama dua jam. Temperatur diatas 180o menyebabkan perubahan warna, terbakarnya kerta atau kapas. Uap jenuh bertekanan tinggi (superhead steam) sangat efektif untuk membunuh mikroba karena uap jenuh yang bertekanan tinggi dihasilkan oleh alat yang disebut autoklaf. Autoklaf tipe I wadahnya lebih besar sehingga dapat menampung banyak alat-alat gelas, tetapi dalam penggunaannya membutuhkan waktu yang lebih lama dan harus dikontrol serta tidak otomatis. Sedangkan autoklaf tipe AS 1020 G dalam penggunaannya membutuhkan waktu yang singkat dan tidak perlu dikontrol, karena otomatis, tetapi wadahnya kecil sehingga sedikit menampung alat-alat (Sandjaja, 1992).
Sterilisasi dengan panas kering dilakukan dengan menggunakan hot air oven. Sterilisasi panas kering berlangsung di dalam oven yang dipanasi sampai temperature 160oC - 170oC selama dua jam. Temperatur diatas 180o menyebabkan perubahan warna, terbakarnya kerta atau kapas. Uap jenuh bertekanan tinggi (superhead steam) sangat efektif untuk membunuh mikroba karena uap jenuh yang bertekanan tinggi dihasilkan oleh alat yang disebut autoklaf. Autoklaf tipe I wadahnya lebih besar sehingga dapat menampung banyak alat-alat gelas, tetapi dalam penggunaannya membutuhkan waktu yang lebih lama dan harus dikontrol serta tidak otomatis. Sedangkan autoklaf tipe AS 1020 G dalam penggunaannya membutuhkan waktu yang singkat dan tidak perlu dikontrol, karena otomatis, tetapi wadahnya kecil sehingga sedikit menampung alat-alat (Sandjaja, 1992).
clip_image020clip_image022

Alat - alat Laboratorium              

-            Mikroskop cahaya              Alat-alat gelas dan keramik             Alat-alat non gelas
-            Mikroskop stereo                          · Cawan Petri                         · Jarum inokulum / ose
-            Autoklaf elektrik                           · Pipet ukur                            · Pinset
-             Incubator                                      · Pipet tetes                            · Rubber bulb
-            Hot plate & stirrer                        · Tabung reaksi                      ·  pH meter universal
-            Colony counter                              · Labu Erlenmeyer
-            Biological Safety Cabinet (BSC)   · Glass beads
-            Mikropipet                                     · Mortar & pestle
-      Luminar Air Flow                          · Beaker glass
                                                             · Bunsen burner
                                                              · Gelas ukur
                                                              · Batang L / Drugalsky
                                                              · Tabung durham

Penyelidikan spesies mikroba selalu didasarkan atas penyelidikan sifat biakan murni dari spesies tersebut. Oleh karena itu, untuk dapat memisahkan kegiatan mikroba yang satu dengan mikroba yang lainnya atau untuk memelihara mikroba secara biakan murni, perlu digunakan alat-alat dan medium yang steril.

2.2  Pengenalan mikroba dan  media pertumbuhan mikroba
Mikroorganisme merupakan jasad hidup yang mempunyai ukuran sangat kecil (Kusnadi, dkk, 2003). Setiap sel tunggal mikroorganisme memiliki kemampuan untuk melangsungkan aktivitas kehidupan antara lain dapat mengalami pertumbuhan, menghasilkan energi dan bereproduksi dengan sendirinya. Mikroorganisme memiliki fleksibilitas metabolisme yang tinggi karena mikroorganisme ini harus mempunyai kemampuan menyesuaikan diri yang besar sehingga apabila ada interaksi yang tinggi dengan lingkungan menyebabkan terjadinya konversi zat yang tinggi pula. Akan tetapi karena ukurannya yang kecil, maka tidak ada tempat untuk menyimpan enzim-enzim yang telah dihasilkan. Dengan demikian enzim yang tidak diperlukan tidak akan disimpan dalam bentuk persediaan.enzim-enzim tertentu yang diperlukan untuk perngolahan bahan makanan akan diproduksi bila bahan makanan tersebut sudah ada.
            Mikroorganisme ini juga tidak memerlukan tempat yang besar, mudah ditumbuhkan dalam media buatan, dan tingkat pembiakannya relative cepat (Darkuni, 2001). Oleh karena aktivitasnya tersebut, maka setiap mikroorganisme memiliki peranan dalam kehidupan, baik yang merugikan maupun yang menguntungkan.Dunia mikroba terdiri dari Monera (Virus dan sianobakteri), Protista, dan Fungi. Mikroorganisme tersebut diantaranya adalah bakteri, jamur, dan virus. Secara umum, bakteri, jamur, dan virus mempunyai morfologi dan struktur anatomi yang berbeda.

2.2.1 Jamur
Pada umumnya jamur dibagi menjadi 2 yaitu: khamir (Yeast) dan kapang (Mold).
a.Khamir.
Khamir adalah bentuk sel tunggal dengan pembelahan secara pertunasan. Khamir mempunyai sel yang lebih besar daripada kebanyakan bakteri, tetapi khamir yang paling kecil tidak sebesar bakteri yang terbesar.khamir sangat beragam ukurannya,berkisar antara 1-5 μm lebarnya dan panjangnya dari 5-30 μm atau lebih. Biasanya berbentuk telur,tetapi beberapa ada yang memanjang atau berbentuk bola. Setiap spesies mempunyai bentuk yang khas, namun sekalipun dalam biakan murni terdapat variasi yang luas dalam hal ukuran dan bentuk.Sel-sel individu, tergantung kepada umur dan lingkungannya. Khamir tidak dilengkapi flagellum atau organ-organ penggerak lainnya.
Ÿ Khamir Murni
Khamir yang dapat berkembang biak dengan cara seksual dengan pembentukan askospora khamir ini diklasifikasikan sebagai Ascomycetes (Saccharomyces cerevisae, Saccharomyces carlbergesis, Hansenula anomala, Nadsonia sp).
ŸKhamir Liar
Khamir murni yang biasanya terdapat pada kulitanggur. Khamir ini mungkin digunakan dalam proses fermentasi, meskipun galur yang diperbaiki telah dikembangkan yang menghasilkan anggur dengan rasa yang lebih enak dengan bau yang lebih menyenangkan. Khamir liar yang ada dikulit anggur dimatikan dengan penambahan dioksida belerang pada buah anggur yang telah dihancurkan. Inokulum galur khamir yang dikehendaki ditambahkan kemudian untuk memfermentasi air perasan anggur.
 ŸKhamir Atas
Khamir murni yang cenderung memproduksi gas sangat cepat sewaktu fermentasi,sehingga khamir itu dibawa kepermukaan. Khamir atas mencakup khamir yang digunakan dalam pembuatan roti,untuk kebanyakan anggur minuman dan bir inggris (Saccharomyces cereviceae).
ŸKhamir Dasar
Khamir murni yang memproduksi gas secara lebih lamban pada bagian awal fermentasi. Jadi sel khamir cenderung untuk menetap pada dasar. Galur terpilih digunakan dalam industri bir lager (Saccharomyces carlsbergensis).
ŸKhamir Palsu atau Torulae
Khamir yang didalamnya tidak terdapat atau dikenal tahap pembentukan spora seksual. Banyak diantaranya yang penting dari segi medis (Cryptococcus neoformans, Pityrosporum ovale, Candida albicans).
b. Kapang.
Tubuh atau talus suatu kapang pada dasarnya terdiri dari 2 bagian miselium dan spora (sel resisten, istirahat atau dorman). Miselium merupakan kumpulan beberapa filamen yang dinamakan hifa. Setiap hifa lebarnya 5-10 μm, dibandingkan dengan sel bakteri yang biasanya berdiameter 1 μm. Disepanjang setiap hifa terdapat sitoplasma bersama. Ada 3 macam morfologi hifa:
1. Aseptat atau senosit, hifa seperti ini tidak mempunyai dinding sekat atau septum.
2. Septat dengan sel-sel uninukleat, sekat membagi hifa menjadi ruang-ruang atau sel-sel berisi nucleus tunggal. Pada setiap septum terdapat pori ditengah-tengah yang memungkinkan perpindahan nucleus dan sitoplasma dari satu ruang keruang yang lain.setiap ruang suatu hifa yang bersekat tidak terbatasi oleh suatu membrane sebagaimana halnya pada sel yang khas, setiap ruang itu biasanya dinamakan sel.
3. Septat dengan sel-sel multinukleat, septum membagi hifa menjadi sel-sel dengan lebih dari satu nukleus dalam setiap ruang.

Jamur dapat hidup secara autotrof, dan hidup secara heterotrof. Jamur hidup dengan jalan menguraikan bahan-bahan organik yang ada dilingkungannya. Umumnya jamur hidup secara saprofit,artinya hidup dari penguraian sampah sampah-sampah organic seperti bangkai, sisa tumbuhan, makanan dan kayu lapuk, menjadi bahan-bahan anorganik. Ada pula jamur yang hidup secara parasit artinya jamur mendapatkan bahan organic dari inangnya misalnya dari manusia, binatang dan tumbuhan. Adapula yang hidup secara simbiosis mutualisme, yakni hidup bersama dengan orgaisme lain agar saling mendapatkan untung, misalnya bersimbiosis dengan ganggang membentuk lumut kerak.
Jamur uniseluler misalnya ragi dapat mencerna tepung hingga terurai menjadi gula, dan gula dicerna menjadi alkohol. Sedangkan jamur multiseluler misalnya jamur tempe dapat mengaraikan protein kedelai menjadi protein sederhana dan  asam amino. Makanan tersebut dicerna diluar sehingga disebut pencernaan ekstraseluler, sama seperti pada bakteri. Caranya,sel-sel yang bekerja mengeluarkan enzim pencernaan. Enzim-enzim itulah yang bekerja menguraikan molekul-molekul kompleks menjadi molekul-molekul sederhana.
Anatomi pada fungi (jamur)
Jamur tidak memiliki klorofil, sel pada jamur ada yang uniseluler,ada pula yang mutiseluler. Dinding sel pada jamur terdiri dari kitin. Jamur multiseluler terbentuk dari rangkaian sel membentuk benang seperti kapas, yang disebu benang hifa. Hifa memiliki sekat-sekat yang melintang, tiap-tiap sekat memiliki satu sel, dengan satu atau beberapa inti sel. Namun adapula hifa yang tidak memiliki sekat melintang, yang mengandung banyak inti dan disebut senositik. Ada tidaknya sekat pada hifa ini dijadikan dasar dalam penggolongan jamur. Hifa ada yang berfungsi sebagai pembentuk alat reproduksi. Misalnya, hifa yang tumbuh menjulang ke atas menjadi sporangiofor yang artinya pembawa sporangium.sporangium artinya kotak spora. Didalam sporangium terisi spora. Ada pula hifa yang tumbuh menjadi konidiofor yang artinya pembawa konidia, yang dapat menghasilkan konidium.
Kumpulan hifa membentuk jaringan benang yang dikenal sebagai miselium. Miselium inilah yang tumbuh menyebar diatas substrat dan berfungsi sebagai penyerap makanan dari lingkungannya.
Reproduksi pada jamur (fungi)
Jamur uniseluler berkembang biak dengan cara seksual dan dengan cara aseksual. Pada perkembangbiakannya yang secara seksual jamur membentuk tunas,sedangkan secara aseksual jamur membentuk spora askus.
Jamur multiseluler berkembangbiak dengan cara aseksual,yaitu dengan cara memutuskan benang hifa (fragmentasi),membentuk spora aseksual yaitu zoospora,endospora dan konidia. Sedangkan perkembangbiakan secara seksual melalui peleburan antara inti jantan dan inti betina sehingga terbentuk spora askus atau spora basidium.
Zoospora atau spora kembara adalah spora yang dapat bergerak didalam air dengan menggunakan flagella. Jadi jamur penghasil zoospore biasanya hidup dilingkungan yang lembab atau berair.
Endospora adalah spora yang dihasilkan oleh sel dan spora tetap tinggal didalam sel tersebut, hingga kondisi memungkinkan untuk tumbuh.
Spora askus atau askospora adalah spora yang dihasilkan melalui perkawinan jamur Ascomycota. Askospora terdapat didalam askus, biasanya berjumlah 8 spora. Spora dari perkawinan kelompok jamur Basidiomycota disebut basidiospora. Basidiospora terdapat didalam basidium,dan biasanya bejumlah empat spora.
Konidia adalah spora yang dihasilkan dengan jalan membentuk sekat melintang pada ujung hifa atau dengan diferensiasi hingga terbentuk banyak konidia. Jika telah masak konidia paling ujung dapat melepskan diri.
Gambar morfologi  fungi
                      

2.2.2 Bakteri
Bakteri merupakan organisme prokariot. Umumnya ukuran bakteri sangat kecil,  bentuk tubuh bakteri baru dapat dilihat dengan menggunakan mikroskop dengan pembesaran 1.000 X atau lebih (Waluyo, 2004). Sel bakteri memiliki panjang yang beragam, sel beberapa spesies dapat berukuran 100 kali lebih panjang daripada sel spesies yang lain. Bakteri merupakan makhluk hidup dengan ukuran antara 0,1 sampai 0,3 µm. Bentuk bakteri bermacam – macam yaitu elips, bulat, batang dan spiral. Bakteri lebih sering diamati dalam olesan terwarnai dengan suatu zat pewarna kimia agar mudah diamati atau dilihat dengan jelas dalam hal ukuran, bentuk, susunan dan keadaan struktur internal dan butiran. Sel sel individu bakteri dapat berbentuk seperti bola/elips, batang (silindris), atau spiral (heliks) (Pelczar & Chan, 2007).
Menurut Soetarto (2008), Bakteri merupakan mikrobia uniseluler yang termasuk dalam kelas Shizomycetes. Pada umumnya bakteri tersebar luas di alam. Ada yang hidup bebas, besifat saprofitik, parasit, atau patogen pada manusia, binatang atau tumbuhan.ada beberapa jenis bakteri bersifat fotosinteteik. Ada tiga bentuk dasar bakteri, yaitu bentuk bulat (coccus), batang (bacillus), dan melilit (spiral) (Irianto, 2007).Identifikasi dan determinasi suatu biakan murni bakteri yang diperoleh dari hasil isolasi dapat dilakukandengan cara pengamatan sifat morfologi koloni, morfologi sel bakteri, pengujian sifa-sifat fisiologi dan biokimianya.Selain itu, identifikasi juga dapat dilakukan dengan pengujian sifat patogenitas dan serologinya. Pertumbuhan bakteri di alam dipengaruhi oleh berapa faktor luar seperti substrat pertumbuhan, pH, temperatur, dan bahan kimia.Bakteri yang nampak dapat memiliki morfologi yang sama, namun keperluan nutrisi dan persyaratan ekologinya berbeda (Soetarto, 2008). Untuk pengamatan morfologi bakteri dengan jelas, tubuhnya perlu diisi dengan cat warna, pewarnaan ini disebut pengecatan bakteri ( Irianto, 2007).Menurut Pelczar (1958), bentuk morfologi pertumbuhan koloni bakteri pada streak agar ada beberapamacam yaitu filiform, villous, echinulate, bead, rhizoid, effuse, dan arborescent. Bentuk pertumbuhan koloni padanutrient cair yaitu pellicle, membranous, flocculent dan ring

Morfologi  bakteri
Bakteri merupakan salah satu jenis mikroorganisme yang tidak bisa dilihat oleh mata telanjang. Bakteri memiliki bentuk bermacam-macam yaitu, bulat, batang dan spiral.
a.  Bakteri bentuk bulat
            
Bakteri berbentuk bulat dikenal sebagai basil. Kata basil berasal dari bacillus yang berarti batang. Bentuk basil dapat pula dibedakan atas:
1. Basil tunggal yaitu bakteri yang hanya berbentuk satu batang tunggal, misalnya Salmonella typhi, penyebab penyakit tipus.
2. Diplobasil yaitu bakteri berbentuk batang yag bergandengan dua-dua.
3. Streptobasil yaitu bakteri berbentuk batang yang bergandengan memanjang membentuk rantai misalnya Bacillus anthracis penyebab penyakit antraks.
b. Bakteri bentuk bola
Bakteri berbentuk bola dikenal sebagai coccus, bakteri ini juga dapat dibedakan atas:
1.      Monokokus, yaitu bakteri berbentuk bola tunggal, misalnya Neisseria gonorrhoeae, penyebab penyakit kencing nanah.
2.      Diplokokus, yaitu bakeri berbentuk bola yang bergandengan dua-dua, misalnya Diplococcus pneumonia penyebab penyakit pneumonia atau radang paru-paru.
3.      Sarkina, yaitu bakteri berbentuk bola yang berkelompok empat-empat sehngga bentuknya mirip kubus.
4.      Streptokokus, yaitu bakteri bentuk bola yang berkelompok memanjang membentuk rantai.
5.      Stafilokokus, yaitu bakteri berbentuk bola yang berkoloni membentuk sekelopok sel tidak teratur sehingga bentuknya mirip dompolan buah anggur.
c.  Bakteri bentuk spiral
Ada tiga mcam bentuk spiral:
1.      Spiral, yaitu golongan bakteri yang bentuknya seperti spiral misalnya Spirillum.
2.      Vibrio, ini dianggap sebagai bentuk spiral tak sempurna, misalnya Vibrio cholera penyebab penyakit kolera.
3.      Spiroseta  yaitu golongan bakteri berbentuk spiral yang besifat lentur. Pada saat bergerak, tubuhnya dapa memanjang dan mengerut.
Anatomi bakteri
Bakteri tersusun atas dinding sel dan isi sel. Disebelah luar dinding sel terdapat selubung atau kapsul. Di dalam sel bakteri tidak terdapat membrane dalam (endomembran) dan organel bermembran seperti kloroplas dan mitkondria. Struktur tubuh bakteri dari lapisan luar hingga bagian dalam sel yaitu flagela, dinding sel, membrane sel, mesosom, lembaran fotosintetik, sitoplasma, DNA, plasmid, ribosom, dan endospora.
a. Flagela
Flagela terdapat salah satu ujung, pada kedua ujung atau pada perukaan sel. Fungsinya untuk bergerak. Berdasar letak dan jumlahnya, tipe flagella dapat dibedakan menjadi montrik, amfitrik, lofotrik, dan peritrik.Flagela terbuat dari protein yang disebut flagelin. Flagella berbetuk seperti pembuka sumbat botol. Fungsinya adalah untuk bergerak. Flagella berputar seperti baling-baling untuk menggerakkan bakteri. Flagela melekat pada membrane sel.
b.   Dinding sel
Dinding sel tersusun atas peptidoglikan yakni polisakarida yang berikatan dengan protein. Dengan adanya dinding sel ini, tubuh bakteri memiliki bentuk yang tetap. Fungsi dinding sel adalah untuk melindungi sel.
Berdasarkan struktur protein dan polisakarida yang terkandung di dalam dinding sel ini, bakteri dapat dibedakan menjadi bakteri gram positif dan gram negatif. Jika bakteri diwarnai dengan tinta Cina kemudian timbul warna pada dinding selnya, maka bakteri itu tergolong bakteri gram positif. Sebaliknya, jika diberi warna dengan tinta Cina namun tidak menunjukkan perubahan warna pada dinding selnya, maka bakteri itu digolongkan ke dalam bakteri gram negatif. Bakteri gram positif mempunyai peptidoglikan di luar membran plasma. Pada bakteri gram negatif, peptidoglikan terletak di antara membran plasma dan membran luar dan jumlahnya lebih sedikit. Umumnya bakteri gram negatif lebih patogen.
Bakteri gram-positif dinding selnya terdiri atas 60-100 persen peptodoglikan dan semua bakteri gram-positif memiliki polimer iurus asam N-asetil muramat dan N-asetil glukosamin dinding sel beberapa bakteri gram positif mengandung substansi asam teikoat yang dikaitkan  pada asam muramat dari lapisan peptidoglikan. Asam teikoat ini berwujud dalam dua bentuk utama yaitu asam teikoat ribitoi dan asam teiokat gliserol fungsi dari asam teiokat adalah mengatur pembelahan sel normal. Apabila diberi pewarna gram menghasilkan warna ungu. Bakteri gram-negatif dinding sel gram negatif mengandung 10-20 % peptidoglikan, diluar lapisan peptidoglikan ada struktur membran yang tersusun dari protein fostolipida dan lipopolisakarida. Apabila diberi pewarna gram menghasilkan warna merah.
Di sebelah luar dinding sel terdapat kapsul. Tidak semua sel bakteri memiliki kapsul. Hanya bakteri patogen yang berkapsul. Kapsul berfungsi untuk mempertahankan diri dari antibodi yang dihasilkan selinang. Kapsul juga berfungdi untuk melindungi sel dari kekeringan. Kapsul bakteri tersusun atas persenyawaan antara protein dan glikogen yaitu glikoprotein.
c. Membrane sel
Membrane sel tersusun atas molekul lemak dan protein, seperti halnya membran sel organisme yang lain. Membrane sel bersifat semipermiable dan berfungsi mengatur keluar masuknya zat keluar atau ke dalam sel.
d.   Mesosom
Pada tempat tertentu terjadi penonjolan membran sel kearah dalam atau ke sitoplasma. Tonjolan membrane ini berguna untuk menyediakan energi atau pabrik energi bakteri. Organ sel (organel) ini disebut mesosom. Selain itu mesosom berfungsi juga sebagai pusat pembentukan dinding sel baru diantara kedua sel anak pada proses pembelahan.
e. Lembar fotosintetik
Khusus pada bakteri berfotosintesis, terdapat pelipatan membrane sel kearah sitoplasma. Membrn yang berlipat-lipat tersebut berisi klorofil,dikenal sebagai lembar fotosintetik (tilakoid). Lembar fotosintetik berfungsi untuk fotosintesis contohnya pada bakteri ungu. Bakteri lain yang tidak berfotosintesis tidak memiliki lipatan demikian.
f. Sitoplasma
Sitoplasma adalah  cairan yang berada di dalam sel (cytos = sel, plasma= cairan). Sitoplasma tersusun atas koloid yang mengandung berbagai molekul organik seperti karbohidrat, lemak, protein, mineral, ribosom, DNA, dan enzim-enzim. Sitoplasma merupakan tempat berlangsungya reaksi-reaksi metabolism.
g.   DNA
Asam deoksiribonukleat (deoxyribonucleic acid, disingkat DNA) atau asam inti, merupakan materi genetic bakteri yang terdapat di dalam sitoplasma. Bentuk DNA bakteri seperti kalung yang tidak berujung pangkal. Bentuk demikian dikenal sebagai DNA sirkuler. DNA tersusun atas dua utas polinukleotida berpilin. DNA merupakan zat pengontrol sintesis protein bakteri, dan merupakanzat pembawa sifat atau gen. DNA ini dikenal pula sebagai kromosom bakteri. DNA bakteri tidak tersebar di dalam sitoplasma, melainkan terdapat pada daerah tertentu yang disebut daerah inti. Materi genetik inilah yang dikenal sebagai inti bakteri.
h.   Plasmid
Selain memiliki DNA kromosom, bakteri juga memiliki DNA nonkromosom. DNA nokromosom bentuknya juga sirkuler dan terletak di luar DNA kromosom. DNA nonkromosom sirkuler ini dikenal sebagai plasmid. Ukuran plasmid sekitar 1/1000 kali DNA kromosom. Plasmid mengandung gen-gen tertentu misalnya gen kebal antibiotik, gen patogen. Seperti halnya DNA yang lain, plasmid mampu melakukan replikasi dan membentuk kopi dirinya dalam jumlah banyak. Dalam sel bakteri dapat terbentuk 10-20 plasmid.
i. Ribosom
Ribosom merupakan organel yang berfungsi dalam sintesis protein atau sebagai pabrik protein. Bentuknya berupa butir-butir kecil dan tidak diselubungi membran. Ribosom tersusun atas protein dan RNA. Di dalam sel bakteri Escherichia coli terkandung 15.000 ribosom, atau kira-kira ¼ masa sel bakteri tersebut. Ini menunjukkan bahwa ribosom memiliki fungsi yang penting bagi bakteri.
j. Endospora
Bakteri ada yang dapat membentuk endospora, pembentukan endospora merupakan cara bakteri mengatasi kondisi lingkungan yang tidak menguntungkan. Endospora tahan terhadap panas sehingga tidak mati oleh proses memasak biasa. Spora mati di atas suhu 120 C. jika kondisi telah membaik, endospora dapat tumbuh menjadi bakteri seperti sedia kala.

Reproduksi bakteri
Bakteri bereproduksi secara vegetatif dengan membelah diri secara biner. Pada lingkungan yang baik bakteri dapat membelah diri tiap 20 menit. Pembuahan seksual tidak dijumpaipada bakteri, tetapi terjadi pemindahan materi genetik dari satu bakteri ke bakteri lain tanpa menghasilkan zigot. Peristiwa ini disebut proses paraseksual. Ada tiga proses paraseksual yang telah diketahui, yaitu transformasi, konjugasi, dan transduksi.
Gambar anatomi dan morfologi bakteri
                               
2.2.3 Virus dan Nematoda
Virus merupakan salah satu jenis mikroorganisme parasit. Virus ini mempunyai ciri-ciri tidak dimiliki oleh organisme lain. Virus hanya dapat berkembang biak di sel-sel hidup lain (sifat virus parasit obligat) karenanya, vius dapat dibiakkan pada telur ayam yang berisi embrio hidup. Untuk bereproduksi virus hanya memerlukan asam nukleat saja. Ciri lainnya, virus tidak dapat bergerak maupun melakukan aktivitas metabolisme sendiri. Selain itu irus tidak dapat membelah diri. Virus tidak dapat diendapkan dengan sentrifugasi biasa, tetapi dapat dikristalkan.
Morfologi virus
1.    Virus berukuran aseluler (tidak mempunyai sel).
2.    Virus berukuran amat kecil, jauh lebih kecil daripada bakteri.
3.    Virus hanya memiliki sala satu macam asam nukleat (RNA atau DNA).
4.    Virus umumnya berupa semacam hablur (kristal) dan bentuknya sangat bervariasi
5.    Tubuh virus terdiri atas kepala, kulit(selubung atau kapsid), isi tubuh, dan serabut ekor.
Anatomi virus
a.    Kepala : Kepala virus berisi DNA dan bagian luarnya diselubungi kapsid.
b.    Kapsid
Kapsid adalah selubung yang berupa protein. Kapsid terdiri atas bagian- bagian yang disebut kapsomer. Kapsid juga dapat terdiri atas proten-protein monomer identik, yang masing-masing terdiri dari rantai polipeptida.
c.    Isi tubuh
Isi tubuh yang disebut viorin adalah bahan genetik yakni asam nukleat (DNA atau RNA), contohnya sebagai berikut:
·       Virus yang isi tubuhnya RNA dan bentuknya menyerupai kubus antara lain, virus radang mulut.
·       Virus yang isi tubuhnya RNA, protein, lipida, dan polisakarida, contohnya paramixovirus.
·       Virus yag isi tubuhnya tediri atas RNA, protein, dan banyak lipida, contohnya virus cacar.
d.   Ekor
     Ekor virus merupakan alat penancap ketubuh organisme yang diserangnya. Ekor virus terdiri atas tabung bersumbat yang dilengkapi benang atau serabut.Pada virus dijumpai asam nukleat yang diselubungi kapsid, disebut nukleokapsid.
                               
Reproduksi virus
Untuk berkembang biak virus memerlukan tempat atau lingkungan yang hidup. Oleh karena itu, virus menginfeksi sel bakteri, sel hewan, atau sel tumbuhan untuk bereproduksi.
Ada dua macam cara virus menginfeksi bakteri, yaitu secara litik an secara lisogeni. Pada infeksi secara litik, virus akan menghancurkan sel induk setelah berhasil melakukan reproduksi, sedangkan pada infeksi secara lisogenik,virus tidak menghancurkan sel bakteri tetapi virus berintregasi dengan DNA sel bakteri, sehingga jika bakteri membelah atau berkembang biak virus pun ikut membelah.Pada prinsipnya cara perkembangbiakan virus pada hewan maupun pada tumbuhan mirip dengan yang berlangsung pada bakteriofag, yaitu melalui fase adsorpsi, sintesis, dan lisis.

Nematoda
Ø  organisme seperti benang atau cacing kecil
Ø   bentuk panjang, bulat
Ø   hidup di dalam tanah, air tawar, air laut
Ø   mempunyai stilet à  parasit tanaman
Ø   bergerak aktif
Ø   transparan
Ø   tidak bersegmen (tidak ada batas yang jelas antara kepala, tubuh, dan ekor)
Peranan nematoda :
 - Saprofit , pengurai bahan organik dalam tanah
-  Predator, pemakan bakteri, jamur, ganggang, nematoda dan org lain  yg lebih   kecil
-  Parasit, pada manusia, hewan, tanaman
-  Vektor, virus penyebab penyakit tanaman

                   
2.2.4 Media PDA dan  media NA
Mikroorganisme dapat berkembang biak dengan alami atau dengan bantuan manusia. Mikroorganisme yang dikembangkan oleh manusia diantaranya melalui substrat yang disebut media. Untuk melakukan hal ini, haruslah dimengerti jenis-jenis nutrien yang diisyaratkan oleh bakteri dan juga macam lingkungan fisik yang menyediakan kondisi optimum bagi pertumbuhannya.
Mikroorganisme dapat ditumbuhkan dan dikembangkan pada suatu substrat yang disebut medium. Medium yang digunakan untuk menumbuhkan dan mengembangbiakkan mikroorganisme tersebut harus sesuai susunanya dengan kebutuhan jenis-jenis mikroorganisme yang bersangkutan. Beberapa mikroorganisme dapat hidup baik pada medium yang sangat sederhana yang hanya mengandung garam anargonik di tambah sumber karbon organik seperti gula. Sedangkan mikroorganime lainnya memerlukan suatu medium yang sangat kompleks yaitu berupa medium ditambahkan darah atau bahan-bahan kompleks lainnya. (Volk, dan Wheeler,1993 . Mikrobiologi Dasar Jilid 1)
Berdasarkan konsistensi atau kepadatannya, medium dibagi menjadi tiga jenis, yaitu :
a.       Medium cair/broth/liquid medium
Contoh : air pepton, nutrient broth, lactosa
b.      Medium setengah padat (semi solid medium)
Contoh : sim agar, cary dan brain agar
c.       Medium padat (solid medium)
Contoh : endo agar, PDA, Nutrient agar(NA)
(Ani Murniati, 2000. Buku Penuntun Praktikum Mikrobiologi)
Medium semi solid dan solid menggunakan bahan pemadat (seperti amilum, gelatin, selulosa dan agar-agar). Untuk medium padat/solid kita dapat menggunakan agar-agar dengan kadar 1,5%-1,8%, dan pada medium semi solid kadarnya setengah dari medium padat, sedangkan pada medium cair tidak diperlukan pemadat.
Syarat yang harus dipenuhi untuk media biakan.
a. Mengandung nurtisi yang di butuhkan oleh mikroorganisme yang berkembang
b. Memiliki kelembaban optimum bagi pertumbha mikroorganisme
c. Mengandung oksigen (kultur bakteri aerob) dan pH sesuai
d. Harus bebas dari mikroba lain dan steril
Media yang dibuat pada praktikum mikrobiologi pertanian adalah media PDA dan Na. PDA adalah merupakan media yang berbahan baku ekstrak kentang, gula dektrosa, dan agar. Media PDA dapat diganti dengan media PSA (dekstrosa diganti dengan sugar, gula yang biasa kita konsumsi). Sedangkan Na (Natrium Agar) berbahan baku ekstrak daging dan pepton, yang termasuk kedalam contoh medium padat.
2.3  Biakan Murni
Tehnik biakan murni, populasi mikroba dialam sekitar kita besar lagi kompleks.beratus-ratus spesies berbagai mikroba besar menghuni bermacam-macam tubuh kita. Mereka terdapat dalam jumlah yang luar biasa besarnya. Dalam tehnik biakan murni tidak saja diperlukan bagaimana memperoleh suatu biakan murni tetapi juga bagaimana memelihara serta mencegah pencemaran dari luar. Medium untuk membiakan mikroba haruslah steril sebelum digunakan. Pencemaran (kontaminasi) dari luar terutama berasal dari udara yang mengandung banyak mikroorganisme. (Dwidjoseputro, 2005). Tehnik biakan murni untuk suatu spesies dikenal dengan beberapa cara yaitu  :
     1.      Cara penggoresan
Cara ini lebih menguntungkan bila ditinjau dari sudut ekonomi dan waktu, tetapi memerlukan keterampilan yang diperoleh dari latihan. Penggoresan yang sempurna akan menghasilkan koloni yang terpisah tetapi kelemahandari cara ini adalah bakter-bakteri anareob tidak dapat tumbuh. (Waluyo, 2008)
Contoh – contoh metode goresan :
a.       Goresan T
b.      Goresan kuadran
c.       Goresan radian
d.      Goresan sinambang
2.      Cara penuangan
Metode ini pertama kali dilakukan oleh Robert Koch (1843-1955). Cara lain untuk memperoleh biakan koloni murni dari populasi campuran mikroorganisme adalahdengan mengencerkan eksperimen dalam medium agar yang telah dicairkan dan didinginkan yang kemudian dicawankan. Karena konsentrasi sel-sel mikroba didalam eksprimen pada umumnya tidak diketahui sebelumnya, maka pengenceran perlu dilakukan beberapa tahap sehingga sekurang-kurangnya satu diantara cawan-cawan tersebut mengandung koloni-koloni terpisah baik diatas permukaan maupun didalam agar. Metode ini memboroskan waktu namun tidak memerlukan keterampilan yang terlalu tinggi. (Admin, 2008)
3.      Cara pengenceran
Cara ini pertama kali dilakukan oleh Lister (1865). Lister berhasil memelihara murni streptococcus lactis yang diisolasi dari susu yang sudah masam. Caranya adalah dengan mengencerkan suatu suspensi yang berupa campuran bermacam-macam spesies kemudian diencerkan dalam suatu tabung tersendiri. Pengenceran ini kemudian diambil 1 ml untuk diencerkan lagi kalau perlu, dari enceran yang kedua ini diambil 1 ml untuk diencerkan lebih lanjut. Langkah selanjutnya adalah pengenceran yang ketiga diatas diambil 0,1 ml untuk disebarkan pada suatu medium padat, kemungkinan besar kita dapat memperoleh beberapa koloni tumbuh dalam medium tersebut tetapi mungkinjuga kita memperoleh satu koloni saja. (Waluyo, 2008)
4.      Cara penyebaran (agar sebar)
Pengenceran sampel sama seperti pada cara penuangan dengan memipet sebanyak 0,1 ml cairan dari botol pengencer dan biakan cairan mengalir keatas permukaan agar. Cairan sample disebarkan dengan penyebar yang terbuat dari gelkan. Pada tehnik ini steririlasi penyebar dilakukan dengan mencelupkan kedalam alkohol dan kemudian dipanaskan sehingga terbakar habis. Penyebar didinginkan dahulu sebelum dugunakan untuk menyebar cairan sampai pada prmukaan agar lempengan tersebut. (Waluyo, 2008)

2.4  Identifikasi dan Karakteristik Makroskopis dan Mikroskopis
            Identifikasi makroskopis pada jamur dan bakteri melingkupi pengamatan terhadap warna koloni, bentuk permukaan, diameter koloni serta jumlah koloni, khusus pada jamur pengatan terhadap hifa atau konidia yang tampak. Pengamatan makroskopis adalah pengamatang secara langsung tanpa menggunakan alat bantu seperti pada pengamta mikroskopis yang menggunakan mikroskop untuk melihat struktur jamur atau bakteri secara lebih detail dan kompleks.

2.5  Pengenceran Berseri
Prosedur isolasi diawali dengan pengambilan sampel tanah sebanyak 2 gram yang dilarutkan ke dalam 18 ml air steril kemudian dikocok dengan vortex selama + 20 menit. Pengenceran dilakukan dengan cara mensuspensikan 1 ml, melarutkan stok dalam 9 ml air steril dan seterusnya sampai pada pengenceran yang diinginkan (untuk cendawan 10-1 sampai 10-2)untuk actinomycetes 10-3 sampai 10-5, untuk bakteri 10-6 sampai 10-8). Sebanyak 0,5 ml dari setiap konsentrasi, dituang pada cawan Petri yang berisi media biakan, selanjutnya diratakan. Metode lain yang dapat dilakukan adalah dengan mengambil suspensi pada konsentrasi yang diinginkan, kemudian dicampurkan pada media yang masih hangat (45oC), selanjutnya dituang pada cawan petri.

2.6  Uji gram dan Uji pektinase
Bakteri dibiakkan di atas media dengan susunan-susunan tertentu. Bakteri juga di uji kemampuannya untuk menahan zat warna crystal violet, dengan prosedur yang telah di ciptakan oleh Christian Gram. Jika setelah di cuci bakteri dapat menahan zat warna tersebut bakteri akan berwarna biru atau encer saat pengujian  disebut gram positif, atau bereaksi positif terhadap pewarnaan dengan cara gram. Jika tidak berwarna biru, atau cairan menjadi kental bakteri disebut gram negatif.
Perbedaan dasar antara bakteri gram positif dan negatif adalah pada komponen dinding selnya. Kompleks zat iodin terperangkap antara dinding sel dan membran sitoplasma organisme gram positif, sedangkan penyingkiran zat lipida dari dinding sel organisme gram negatif dengan pencucian alcohol memungkinkan hilang dari sel. Bakteri gram positif memiliki membran tunggal yang dilapisi peptidohlikan yang tebal (25-50nm) sedangkan bakteri negatif lapisan peptidoglikogennya tipis (1-3 nm).

Sifat
Gram Positif
Gram Negatif
Komposisi dinding sel
Kandungan lipid rendah
Kandungan lipid tinggi
Ketahanan terhadap penisilin
Lebih sensitif
Lebih tahan
Penghambatan warna basa
Lebih dihambat
Kurang dihambat
Kebutuhan nutrien
Kompleks
Relatif sederhana
Ketahanan terhadap perlakuan fisik
Lebih tahan
Kurang tahan











III. METODE PRAKTIKUM

3.1 Waktu dan Tempat pelaksanaan
Praktikum Mikrobiologi Pertanian dilaksanakan setiap hari Rabu pukul 09.30 sampai 11.10 WIB dimulai dari Februari sampai April 2012. Praktikum ini bertempat di Laboratorium Mikrobiologi Jurusan Hama Penyakit Tanaman Fakultas Pertanian Universitas Andalas, Padang. Dan diakhiri dengan Praktikum Lapangan pada tanggal 8 April 2012 bertempat di Desa Sungai Kamunyang, Kecamatan Luak Kabupaten Lima Puluh Kota dan Situjuh Sumatra Barat.
3.2 Alat dan Bahan
3.2.1. Sterilisasi dan Pengenalan Alat-Alat Laboratorium
            Pada praktikum ini kita menggunakan beberapa bahan dan alat.Adapun bahan yang dapat digunakan adalah larutan  Na3PO4, larutan  HCL, aquadest, larutan fenol 5 %, sedangkanalat yang digunakan adalah alat-alat gelas (tabung reaksi, petridish, erlen meyer, dan lain-lain). Oven, autoc lave pada tekanan 15 lbs (2 Atm dan temperatur 121), pipet, lampu spiritus, cover glass.
3.2.2. Pengenalan Mikroba dan Pembuatan Media
Pada praktikum pembuatan media PDA (Potato Dekstrosa Agar) beberapa bahan dan alat yang digunakan antara lain: aquades 1 L,ekstrak kentang 200 L.dekstrosa 20 gr,agar 15 gr,klorofenikol(antiseptik),gelas piala 1 L,batang pengaduk, kompor listrik,saringan,botol schott,dan timbangan.
Pada praktikum pembuatan media NA (Nutrient Agar) beberapa bahan dan alat yang digunakan antara lain:aquades 1 L,Beef ekstrak 3 gr,Agar 5 gr,pepton 5 gr, gelas piala 1 L,batang pengaduk,kompor listrik,saringan,botol schott,dan timbangan.

3.2.3. Metode Pemancingan (Moist Chamber)
Pada praktikum pemancingan jamur dari tanah beberapa bahan dan alat yang digunakan antara lain:terung dan wortel yang sehat,tanah vegetasi tanah sekitar perakaran tanaman)  1 botol,pisau,karet gelang,plastik kaca,botol aqua gelas 2 buah.
Pada  praktikum  moist chamber dari tanaman yang sakit bahan dan alat yang digunakan antara lain:bagian tanaman yang sakit (cabe),aquades,alkohol,pinset,kertas saring,dan petridish plastik.
3.2.4. Biakan Murni
Pada praktikum biakan murni bahan dan alat yang digunakan antara lain:hasil moist chamber,media PDA,alkoholwrapping,Laminar air flow,lampu bunsen,jarum ose,petridish kaca.
3.2.5. Identifikasi dan Karakterisasi Makroskopis dan mikroskopis Jamur
Pada praktikum identifikasi dan karakterisasi makroskopis dan mikroskopis jamjur bahan dan alat yang digunakan antara lain:aquades,biakan jamur,mikroskop,kaca objek/preparat,cover glass,dan mikro pipet.
3.2.6. Pengenceran Berseri
Pada praktikum pengenceran berseri isolasi bakteri pada tanah vegetasi bahan dan alat yang digunakan antara lain: aquades steril  9 mL ,tanah vegetasi 10 gr, testube 6 buah,dan vortex.
Pada praktikum isolasi bakteri busuk hitam pada kubis bahan dan alat yang digunakan antara lain: kubis yang busuk,aquades steril 9 mL,testubube 7 buah, vortex dan .mikro pipet.
3.2.7. Identifikasi  Bakteri
Pada praktikum identifikasi makroskopis dan mikroskopis bakteri bahan dan alat yang digunakan antara lain:biakan bakteri dan penggaris.
 3.2.8. Uji Gram dan Uji Pektinase
Pada praktikum uji gram dan uji pektinase bahan dan lat yang digunakan antara lain: biakan bakteri,KOH 3 %,alkohol,cover glass, kaca objek,dan jarum ose.

3.3. Cara kerja
3.3.1. Sterilisasi dan Pengenalan Alat-Alat Laboratorium
            Sterilisasi alat-alat laboratorium terbagi menjadi tiga,yaitu:
1.Sterilisasi Fisik
Sterilisasi fisik dengan cara pemanasan antara lain mensterilisasi batang L,spatuladan jarum ose yang dibakar pada bunsen sampai berwarna merah(pemijaran).Benda-benda dari kaca/gelas seperti testube,erlenmeyer ,gelas piala dengan cara dioven pada suhu 60-180 derajat Celcius(panas kering).Selanjtnya bisa juga dilakukan dengan disterilisasi dalam autoklaf.Sedangkan sterilisasi fisik dengan cara penyinaran cukup di sterilisasi dalam laminar air flow.
2.Sterilisasi Mekanik
Sterilisasi mekanik dengan cara penyaringan atau filtrasi seperti saringan mikroba.
3.Sterilisasi Kimiawi
Sterilisasi kimiawi menggunakan bahan–bahan kimia seperti alkohol, akuades, natrium hipoklorit seperti sterilisasi pada benih dan permukaan tanaman.
Pengenalan alat-alat laboratorium antara lain seperti testube, bunsen, erlenmeyer, rak tabung reaksi,petridish kaca atau plastik,jarum ose,spatula,gelas ukur.gelas piala,pipet tetes,mikro pipet,botol schott,mikroskop,timbangan,laminar air flow,autoklaf,laminar air flow dan lain-lain.
3.3.2. Pengenalan Mikroba dan Pembuatan Media
Pembuatan media PDA(Potato Dekstrosa Agar) pertama kentang dikupas dan dipotong dadu kemudian ditimbang sebanyak 200 gr.Kentang direbus dengan 1 L aquades dengan panas 305 derajat Celcius sambil diaduk-aduk sampai setengah matang.Selanjutnya kentang disaring kedalam gelas piala.Dimasukkan 20 gr Dekstrosa dan 15 Agar ke dalam saringan kentang dan diaduk sampai rata.Kemudian dimasak lagi sampai mendidih.Setelah mendidih dimasukkan dalam botol schott dan dimasukkan antiseptik .Terakhir disterilisasi dengan autoklaf dengan tekanan 121 derajat Celcius selama 15 menit.
Pembuatan media NA (Nutrient Agar) pertama aquades 1 L,beef ekstrak 3 gr,Agar 5 gr,dan pepton 5 gr dimasukkan dalam gelas piala dan diaduk sampai tercampur rata.Selanjutnya diamsak sampai mendidih.Setelah masak dimasukkan dalam botol schott.Terakhir disterilisasi dengan autoklaf dengan tekanan 121 derjat Celcius selama 15 menit.

3.3.3. Metode Pemancingan (Moist Chamber)
Pemancingan jamur dari tanah vegetasi pertama 2 buah aqua gelas diisi setengahnya dengan tanah vegetasi.Kemudian dipotong bagian ujung dan pangkal wortel dan terung .Dimasukkan ke dalam gelas aqua dengan ditegakkan diatas tanah vegetasi dalam gelas.Bagian atas gelas ditutup dengan plastik kaca dan diikat dengan karet.Selanjtnya diinkubasi selama 2x24 jam.Terkhir diamati pertumbuhan jamur tersebut.
Moist chamber dari tanaman yang sakit pertama bagian tanaman yang sakit dipotong dengan ukuran 1x1 cm ,(0,5 cm bagian tanaman yang sehat dan 0,5 cm bagian tanaman yang sakit) sebanyak 5 potong.Kemudian disterilisai dengan aquades,alkohol,dan aquades selama 1 menit.Selanjutnya dikering anginkan selama 5 menit.Potongan tanaman dimasukkan dalam peti plastik yang sudah dilapisi kertas saring yang lembab.Terakhir diinkubasi selama 2x24 jam dan diamati.
3.3.4. Biakan Murni
Biakan murni pertama tangan praktikan disterilisasi dengan alkohol.Petridish diputar putar pada lampu bunsen sambil jarum ose dibakar sampai berwarna merah.Buka petridish yang berisi PDA kemudian jarum ose yang sudah dibakar dicelupkan pada pinggir petri sebanyak 3 kali.Selanjutnya bagian jamur yang akan dibiakkan diambil dengan jarum ose dan dimasukkan dalm petridish yang berisi media PD.Kemudian petridish ditutup dan diwrapping.Terakhir diinkubasi sealam 2x24 jam dan diamati.

3.3.5. Identifikasi dan Karakterisasi Makroskopis dan mikroskopis Jamur
            Pengamatan makroskopis terdiri dari pengamatan pada jumlah koloni,warna koloni,bentuk permukaan,bentuk jamur,dan diameter jamur.Pengamatan mikroskopis terdiri dari pengamatan bentuk konidia,bentuk hifa,warna konidia yang diamati di bawah mikroskop.

3.3.6. Pengenceran Berseri
            Isolasi bakteri pada tanah vegetasi pertama 10 gr tanah vegetasi dan 9 mL aquades steril dimasukkan ke dalam testube dan divortex(suspensi A,10-1).Kemudian 1 mL dari suspensi A dimasukkan dalam testube yang berisi 9 mL aquades yang baru dan divortex(suspensi B,10-2).Dilakukan pengenceran sampai suspensi D ,10-4 dan divortex setiap melakukan pengenceran.Selanjutnya 0,1 mL suspensi C dan Suspensi D dimasukkan dalam petridish yang berisi media NA.Petridish diwrapping dan diinkubasi selama 3x24 jam.Terakhir dilakukan pengamatan.
            Isolasi bakteri busuk hitam ada kubis pertama 1 cm kubis digerus dilumpang porselen sampai halus kemudian ekstraknya dimasukkan dalam testube yang berisi 9 mL aquades steril dan divortex(suspensi A,10-1),kemudian suspensi A dipipet 1 mL dimasukkan kedalam testube baru dan divortex(suspensi B,10-2.Dilakukan pengenceran dilakukan sampai suspensi F ,10-6 dan divortex setiap melakukan pengenceran.Selanjutnya ,1 mL dari  suspensi E dan Suspensi F dimasukkan dalam petridish yang berisi medium NA.Petridish diwrapping dan diinkubasi selama 3x24 jam.Terakhir dilakukan pengamatan.
3.3.7. Identifikasi  Bakteri
            Pengamatan bakteri secara mikroskopis berupa pengamatan warna koloni,permukaan koloni,bentuk koloni,dan diameter koloni.

3.3.8. Uji Gram dan Uji Pektinase
1 tetes KOH 3% dimasukkan pada kaca objek yang sudah disterilkan.Kemudian diambil 1 ose bakteri dan dicampurkan dengan KOH 3% sampai homogen.Selanjutnya ose diangkat ,diamati apakah ose lengket atau berlendir ketika diangkat.















IV. HASIL DAN PEMBAHASAN
4.1 Hasil
4.1.1  Media PDA dan NA
Media PDA
 
Media Na
 
4.1.1 Moist chamber
Wortel
 
Terong
 

4.1.3 Identifikasi Makroskopis dan Mikroskopis Jamur
Karakter Makroskopis Jamur
Sampel 1
Sampel 2
Jumlah warna koloni
4 koloni
2 koloni
Warna koloni
Ungu
Abu-abu kehijauan
Kuning
Putih
Putih
Abu abu kehijauan
Bentuk Permukaan
Koloni kuning halus, sedangkan yang lainnya kasar
Putih=kasar
Abu kehijauan= halus
Bentuk jamur
Kuning irregular, yang lainnya regular
Putih=irregular
Abu abu kehijau=regular
Diameter jamur
Ungu              = 2 cm
Abu kehijauan= 2,75cm
Kuning           = 2,5 cm
Putih               = 4,25 cm
Putih                = 5,75 cm
Abu abu kehijauan=3,25
Identifikasi Bakteri tanah vegetasi lumut [10-5]
Makroskopis Bakteri
Koloni (1)
Koloni (2)
Koloni (3)
Koloni (4)
Warna koloni
Bening
Bening
Putih pucat
Bening
Permukaan koloni
Cekung
Cembung
Cembung
Cembung
Bentuk koloni
Ireguler
Regular
Regular
Regular
Diameter koloni
2,4 cm
0,7 cm
0,3 cm
0,5 cm

Identifikasi bakteri busuk hitam kubis [10-5]
Karakter bakteri
Sampel (1)
Sampel (2)
Sampel (3)
Sampel (4)
Warna
kuning
putih
bening
bening
Permukaan
cembung
cembung
cembung
cembung
Bentuk
reguler
reguler
reguler
reguler
diameter
0,4 cm
0,7 cm
0,5 cm
0,1 cm

4.2 Pembahasan
4.2.1 Praktium Laboratorium
Pada praktikum pembuatan media biakan padat, dan bahanya biasanya terbuat dari agar-agar atau NA (Natrium agar) dan PDA. Media padat yaitu media berbentuk padat yang mengandung agar 1-1,5 %. Sebelum dimasukan ke dalam autoclave, sebaiknya media dibungkus dibungkus terlebih dahulu  dengan Koran dan almuniunfoil atau plastic untuk mencegah penguapan laruan NA dan PDA saat di masukan keautoclave. Pada saat pembuatan media ini semua pralatan yang digunakan haruslah dan dikerjakan secara aseftik. Aseptik adalah dimana keadaan bebas dari jasad renik yang bersifat phatogen.Phatogen adalah parasit yang mampu menimbulkan penyakit pada inangnya. (Soenartono Adi somartono, dkk. 1990.hal 15). Media  nutrient agar, PDA atau bahan-bahan untuk pembuatan media biakan bakteri mudah sekali dibiakan oleh bakteri lain apabila terkontaminasi.Sehingga pengsterilisasian berfungsi untuk mencegah dan membersihkan peralatan dari mikroorganisme yang tidak diinginkan atau dibiakan, sedangkan bekerja dengan aseptik bertujuan untuk menjaga agar tidak terjadinya kontaminasi peralatan dan medium dari mikroorganisme yang berada di sekitar kita. Pembuatan media padat dengan agar-agar harus benar-benar aseptik, begitu juga dengan pembuatan media-media lainnya.

Praktikum berikutnya mengenai pemancingan jamur dari tanah vegetasi dan busuk pada tanaman. Tanah vegetasi yang kami ambil adalah tanah disekitar tanaman coklat. Alasan digunakannya tanah vegetasi adalah untuk mengetehui mikroba apa saja yang terdapat disekitar tanaman coklat tersebut. Selain dengan tanah vegetasi juga dilakukan dengan pengisolasian jamur yang ada pada busuk cabe. Sebelum memancing jamur pada busuk cabe tersebut dilakukan terlebih dahulu sterilisasi permukaan dengan akuades, alcohol, dan akuades. Sterilisasi ini bertujuan agar mikroba yang tidak diinginkan tidak tumbuh pada media yang akan digunakan, sehingga nantinya bukan jamur yang kita inginkan yang akan berkembang.

Kemudian dilanjutkan dengan biakan murni, dimana setelah dilakukan pemancingan pada potongan busuk cabe, dipilih satu yang akan dilakukan pembiakan murni. Biakan murni diperlukan karena semua metode mikroboilogi yang digunakan untuk menelaah dan mengidentifikasi mikroorganisme termasuk penelaah cirri-ciri cultural, morfologis, fisiologis maupun serologis memerlukan suatu populasi yang terdiri dari satu macam mikroorganisme saja.

Ada beberapa metode untuk memperoleh biakan murni dan suatu biakan campuran dalam tehnik biakan murni tidak saja diperlukan bagaimana memeperoleh suatu biakan murni tetapi juga bagaimana memlihara serta mencegah pencemaran (kontaminasi) dari luar terutama berasal dari udara yang mengandung banyak mikroorganisme. Metode pembuatan biakan murni pada dasarnya mempunyai prinsip yang sama yaitu mengencerkan mikroorganisme sedemikian sehingga individu spesies dapat dipisahkan dari lainnya dengan anggapan bahwa setiap koloni yang terpisah tampak pada cawan petri setelah diinkubasi berasal dari satu sel tunggal saja.

Dari hasil biakan murni, digunakan 2 sampel dimana satu sampel terdapat 4 koloni dan satu sampel lainnya terdapat 2 koloni, yang akan dilakkukan pengidentifikasian karakter makroskopis dan mikroskopisnya.

Selain melakukan pengisolasian jamur, juga dilakukan pengisolasian bakteri dari tanah dan busuk kol, pengisolasian bakteri dari tanah dan busuk kol tersebut dilakukan dengan pengenceran berseri. Pengenceran ini menggunkan ekstrak dari busuk hitam pada kol dan tanah yang diencerkan sampai 10 -4 untuk tanah vegetasi dan 10-6 untuk busuk hitam pada kol. Setelah larutan dengan konsentrasi yang diinginkan, kemudian ditambahkan media NA yang kemudian divorteks. Namun jangan sampai larutan tersebut menggumpal karena tidak akan dapat dituangkan pada petri. Tujuan dari vortex adalah untuk menghomogenkan antara ekstrak cairan tanaman atau tanah dengan cairan NA. Setelah banyak koloni bakteri tumbuh pada media tahap selanjutnya adalah pengisolasian bakteri dari satu koloni saja. Sehingga pada media hanya akan terdapat satu tipe bakteri. Hal ini dilakukan dengan metode gores dengan menggunakan jarum ose yang dilakukan didekat Bunsen didalam luminar air flow.

Setelah dilakukan biakan murni dengan pengambilan satu koloni bakteri dan ditumbuhakan pada petri maka praktikum selanjutnya adalah melakukan pengujian gram untuk menentukan apakah bakteri tersebut gram positif atau gram negative Pada praktikum ini gelas obyek yang akan digunakan di aseptis dahulu dengan alkohol 70% agar tidak terdapat mikroorganisme yang tidak diinginkan saat perlakuan, kemudian bakteri yang akan dikonfirmasi diambil sebanyak satu ose dan diletakkan pada gelas obyek yang telah terdapat larutan KOH sebanyak satu jarum ose, konfirmasi dilakukan untuk memastikan bakteri tersebut gram negatif atau positif. Kemudian campurkan dengan mengaduknya, kemudian jarum ose diangkat beberapa sentimeter untuk mengetahui apakah cairan berlendir atau tidak. Jika cairan tersebut berlendir maka bakteri tersebut merupakan bakteri gram negatif dan jika cairan tersebut tidak berlendir maka bakteri tersebut bakteri gram positif (Umsl, 2008).

4.2.2 Praktikum Lapangan
            Praktikum lapangan mikrobiologi pertanian yang dilaksanakan pada tanggal 8 April 2012 bertempat di desa Kamunyang dan Kelompok Maju Tani Daerah Kubu membahas mengenai mikroba rumpun bambu yang digunakan para petani sebagai mikroba untuk pembuatan pupuk kompos yang telah disosialisasikan untuk pertanian organic yang telah dibina kepada petani yang telah diintegrasi.
            Adapun proses kerja adalah pertama- tama disediakan sepotong bamboo dengan disertai penutup, kemudian diisi dengan nasi matang dengan ½ bagian dibiarkan kosong. Selanjutnya  bambu yang telah diisi dengan nasi dibungkus dengan kertas Koran, diikat serta diletakkan pada rumpun bamboo. Setelah dibiarkan selama satu  minggu, bamboo tersebut diambil dan ditambahkan dengan gula aren. Satu minggu berikutnya camputan nasi dan gula aren tersebut dapat digunakan untuk pembuatan kompos.
            Satu ton kompos atau satu ton kotoran sapi cukup hanya menggunakan 5 sendok the campuran mikroba tersebut.Dan pupuk ini dapat digunakan untuk semua jenis tanaman,khususnya sayur –sayuran.








V. KESIMPULAN DAN SARAN

5.1 Kesimpulan

            Praktikum mikrobiologi pertanian yang telah dilaksanakan telah dilakukan dengan semaksimal mungkin hingga tercapai tujuan dari masing masing objek pelaksanaan seperti sterilisasi dan pengenalan mikroba. Sterilisasi dilakukan secara fisik, mekanik, dan kimiawi. Kemudian pengenalan terhadap mikroba seperti virus, jamur dan bakteri ciri serta perbedaanya. Metode pemancingan jamur atau moist chamber yang dilakukan pada tanah vegetasi dan busuk hitam pada cabe. Setelah dilakukan pengisolasian kemudian dilakukan pembiakan murni pada media PDA, yang kemudian diidentifikasi secara makroskopis dan mikroskopis. Juga dilakukan pengisolasian bakteri dari ekstrak tanah dan ekstrak busuk hitam pada kubis yang dilakukan dengan cara pengenceran berseri dan divorteks dengan mencampurkan pada media NA. Setelah itu diakhiri dengan pengidentifikasian makroskopis dan mikroskopis serta uji gram negative atau gram positif pada bakteri tersebut.


5.2 Saran
           
            Adapun saran untuk pelaksanaan praktikum kedepannya adalah agar praktikan dibekali dengan buku penuntun sehingga praktikan mempunyai pedoman pelaksanaan yang tertulis.






DAFTAR PUSTAKA

Admin. 2008. Sejarah Perkembangan Mikrobiologi. Hhtp.//www.ubb.ac.td/
Sejarah   perkembangan mikrobiologi diakses pada tanggal 25 april 2012 pukul 13.00
Dwidjoseputro. 2005. Dasar-Dasar Mikrobiologi. Djambatan; Jakarta Fardiaz,S.
  1992. Mikrobiologi Pangan I. Gramedia. Jakarta
Hadiotomo, Ratna Siri., 1990. Mikrobiologi Dasar Dalam Praktek. Jakarta :
 Pt Gramedia.
Lay, B.W. 1994. Analisis Mikroba di Laboratorium. PT Raja Grafindo Persada.
            Jakarta.
Levine, M. 2000. An Introduction to Laboratory Technique in Bacteriology.          McMillan Company, New York.
Pelczar, M. J., Chan, E.C.S. 2007. Elements of Microbiology. Mc Graw Hill Book
            Company. New York.
Syamsuri, Istamar. 2004. BIOLOGI untuk SMA kelas X. Erlangga, Jakarta.
Umsl. 2008. Staining Bacteria. www.umsl.edu/~microbes/pdf/stainingbacteria.pdf.            Diakses pada tanggal 26 April 2012
Volk & Wheeler. 1993. Mikrobiologi Dasar. Penerbit Erlangga. Jakarta
Waluyo, L . 2007 . Mikrobiologi Umum . Universitas Muhammadiyah Malang Press.
            Malang









DAFTAR GAMBAR


Media PDA
         

Media NA
            

Moist Chamber
   

Biakan Murni
 

Identifikasi Makroskopis Jamur
      

Pengenceran berseri

Tidak ada komentar:

Poskan Komentar